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population = stk.EAPopulation.init_random(
building_blocks=[building_blocks],
topology_graphs=topology_graphs,
size=25,
use_cache=True,
random_seed=random_seed
)
# #####################################################################
# Selector for selecting the next generation.
# #####################################################################
generation_selector = stk.SelectorSequence(
stk.Fittest(num_batches=3, duplicates=False),
stk.Roulette(
num_batches=22,
duplicates=False,
random_seed=random_seed
)
)
# #####################################################################
# Selector for selecting parents.
# #####################################################################
crossover_selector = stk.AboveAverage(num_batches=5, batch_size=2)
# #####################################################################
# Selector for selecting molecules for mutation.
# #####################################################################
def test_selection_plotter(progress):
roulette = stk.Roulette(num_batches=10)
stk.SelectionPlotter(join('plots', 'roulette_counter'), roulette)
list(roulette.select(progress.subpopulations[0]))
list(roulette.select(progress.subpopulations[0]))
stk.Roulette(num_batches=22, duplicates=False)
)
# #####################################################################
# Selector for selecting parents.
# #####################################################################
crossover_selector = stk.AboveAverage(num_batches=5, batch_size=2)
# #####################################################################
# Selector for selecting molecules for mutation.
# #####################################################################
mutation_selector = stk.SelectorFunnel(
stk.AboveAverage(num_batches=10, duplicates=False),
stk.Roulette(num_batches=5)
)
# #####################################################################
# Crosser.
# #####################################################################
crosser = stk.Jumble(num_offspring_building_blocks=3)
# #####################################################################
# Mutator.
# #####################################################################
mutator = stk.RandomMutation(
stk.RandomTopologyGraph(topology_graphs),
stk.RandomBuildingBlock(building_blocks, lambda mol: True),
stk.SimilarBuildingBlock(building_blocks, lambda mol: True, False)
)
)
# #####################################################################
# Selector for selecting parents.
# #####################################################################
crossover_selector = stk.AboveAverage(num_batches=5, batch_size=2)
# #####################################################################
# Selector for selecting molecules for mutation.
# #####################################################################
mutation_selector = stk.SelectorFunnel(
stk.AboveAverage(num_batches=10, duplicates=False),
stk.Roulette(num_batches=5, random_seed=random_seed)
)
# #####################################################################
# Crosser.
# #####################################################################
crosser = stk.Jumble(
num_offspring_building_blocks=3,
random_seed=random_seed
)
# #####################################################################
# Mutator.
# #####################################################################
mutator = stk.RandomMutation(
)
)
# #####################################################################
# Selector for selecting parents.
# #####################################################################
crossover_selector = stk.AboveAverage(num_batches=5, batch_size=2)
# #####################################################################
# Selector for selecting molecules for mutation.
# #####################################################################
mutation_selector = stk.SelectorFunnel(
stk.AboveAverage(num_batches=10, duplicates=False),
stk.Roulette(num_batches=5, random_seed=random_seed)
)
# #####################################################################
# Crosser.
# #####################################################################
crosser = stk.Jumble(
num_offspring_building_blocks=3,
random_seed=random_seed
)
# #####################################################################
# Mutator.
# #####################################################################
mutator = stk.RandomMutation(